1．光和细菌中的活菌形态微细、比重小，若采用直接泼洒养殖水体的方法，其活菌不易降到池塘底部，无法起到良好的改善底环境的效果，因此建议全池泼洒光和细菌时，可以和颗粒性改底制剂合用，这样既能将活菌迅速沉降到底部，同时颗粒性改底制剂可以起到改良池塘底部环境吸附有害元素，并可以起到降低亚硝酸盐、氨氮、硫化氢等有害物质的作用。

2．适时使用，使用光和细菌的适宜水温为15℃—40℃，最适宜水温为26℃—36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。注意阴雨天勿用。

3．与有机肥或无机肥混合使用光合细菌效果明显，并可以防止藻类老化造成水质变坏。

4．视水质情况决定应用方法，水体肥沃时使用光和细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质的累积，改善水体环境和培育天然饵料，保证水体溶氧；水瘦时应首先使用生物有机肥再使用光和细菌，这样有利于保持菌种在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光和细菌菌种的生长，应先施用石灰，间隔3-4天，调节PH值后再使用光和细菌。

5．避免与消毒杀菌剂混合使用，因为作为活菌，药物对它有杀灭作用，水体使用消毒后需经过5天以后方可使用。使用光和细菌在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。