微生态失调与微生态平衡相反，是指微生态系统处于不良条件下时，出现的微生物总类、生理功能和各种相互关系的紊乱。水环境中微生物生态平衡失调影响水生动物的微生态平衡，就会导致鱼虾蟹类水产动物疾病的发生。

研究表明：池中弧菌达到100000cfu/ml以上时就会导致虾体正常菌群失调，可能会发生弧菌病。过量使用抗生素、消毒剂会使一些致病菌产生耐药性而导致用药量不断的增加。

在养殖初期，池塘里生物量小，溶氧充足，有机质在耗氧性微生物分解作用下产生二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐、磷酸盐等无机盐类为单细胞藻类的光合作用提供营养源，又为养殖动物呼吸和有机物分解提供溶氧，并为养殖动物的生长营造良好的水色。这时池塘处于相对的良性生态平衡状态。

随着养殖期的增长，池塘中的有机质越来越多，在池塘中的中上层由于单细胞藻类的光合作用可以维持足够多的氧气供耗氧微生物活动，而在池塘的下层和底层光合作用比较弱，有机质的分解很快就消耗掉了水中的氧气，使得厌氧性和兼性厌氧的微生物大幅生长而成为优势种群，有机物的厌氧消化取代了氧化分解，厌氧消化速度慢，分解有机质不彻底，易产生氨、有机酸、硫化氢、胺类、低级脂肪酸、醇类、甲烷等中间产物，能使养殖动物中毒，致使病原微生物大量滋生引起致病死亡。

进入养殖池中的有机物如得不到及时分解，造成池底老化或恶化。人为添加有益生物后，由于需氧菌与厌氧菌共栖，当需氧菌消耗掉周围小环境中的氧，便为厌氧微生物的生长创造了良好的环境，即使大环境有氧，而在某些小环境中由于耗氧菌的作用下造成厌氧条件下就能使厌氧菌良好的生长，耗氧菌与厌氧菌的协同作用大大加快了有机物的分解速度，能把进入水体中的大量有机物快速而彻底的分解掉，减少或避免了有机物的沉积而保持底质的清洁，达到改善生态环境的目的。